За время трудовой деятельности Юрий Владимирович проявил себя как высококвалифицированный ученый и волевой руководитель. Под его руководством ОАО "Концерн "Системпром" стал передовой научной организацией, имеющей лицензии ФСБ, СВР, Минобороны, ФСТЭК, Минпромторга, Минобрнауки России.
Юрий Владимирович также является членом Отделения нанотехнологий и информационных технологий РАН, членом Научного совета при Совете Безопасности РФ, членом Экспертно-консультативного совета при Председателе Счетной палаты РФ. Бородакий Ю.В. имеет свыше 300 научных трудов, в том числе шесть монографий, 22 патента и 14 авторских свидетельств на изобретения.
Доктор технических наук, профессор Бородакий Ю.В. уделяет большое внимание подготовке квалифицированных кадров. Ведет преподавательскую работу в Национальном исследовательском ядерном университете МИФИ. На предприятии созданы условия для подготовки специалистов высшей квалификации под его руководством.
Научным обобщением многолетней деятельности Юрия Владимировича в области информатизации явилась успешная защита докторской диссертации на тему "Методология создания перспективных информационно-управляющих систем" и подготовка семи кандидатов технических наук в области информационных технологий. Важнейшие результаты докторской диссертации нашли практическое внедрение при разработке многих АСУ и КСА, успешно прошедших государственные испытания и эксплуатирующиеся во всех регионах России.